Sebagai Perdana Menteri

Sebagai Presiden Republik

Milton digulingkan dalam suatu rampasan kuasa tentera pimpinan Idi Amin pada bulan Januari 1971, ketika beliau ke Singapura menghadiri suatu persidangan Komanwel. Insiden ini dipercayai didalangi sesetengah negara Barat yang berhubungan tegang dengan pemerintah beliau.[4][5] Obote fled to Tanzania. The fall of Obote's regime was welcomed and celebrated by many Ugandans.[6]